碇真嗣没有回家，回到了阿轩的家中。
阿轩问他是不是讨厌人类，他说自已很讨厌父亲。
却很奇怪为什么对阿轩说这些。
碇真嗣回头看到对方看着自已。
他告诉碇真嗣，自已说不定是为李翔宇才是。
美里偷偷调查挨训的资料。
原来他可以在自已的一直下自由设定和EVA的同步率。
这个回收阿轩带着二号机向据点下去。
警报响了起来，又一使徒出现了。
美里发现二号机出现动了，可是明日香明明在病房，这不可能。
这时候据点出现了AT立场，阿轩就是使徒并且还在不断下降。
而这一切都是上面计划的，并且期待初号机完成最后计划。
父亲下令让碇真嗣去解决。
碇真嗣却无法接受阿轩是使徒，随后强迫自已跟上塌
初号机和二号机打了起来，阿轩说EVA和自已打手很提是一样，因为也是从亚当衍生出来，只要没有领就好。
碇真嗣刺向阿轩，但是阿轩的身上出现了AT立场这是任何人都拥有的心智比张。
此时二号机也刺中的初号机，他们一起来到据点。
为了避免第三次冲击，美里决定逼得不已时就让这里自爆。
没想到出现了强力的AT立场，俩台EVA都被屏蔽。
碇真嗣和阿轩抵达了中心位置，绫波丽居然也出现在这里。
阿轩发现十字架上的不是亚当而是莉莉丝。
此时初号机击败了好几，并且抓住了阿轩。
阿轩说治一治希望碇真嗣可以阻止二号机。
?不是这样自已就要和二号机一起继续活下去。
碇真嗣问他是为什么。
阿轩说继续活下去是自已的命运，哪怕毁灭一切。
而对于自已来说死和生是等价的，死亡才是自已唯一的自由。
碇真嗣完全听不懂他在说什么。
阿轩却说这是遗言，他说碇真嗣不是应该死亡的从子啊，而微辣才是必要。
随后抬头看了言绫波丽，他告诉顶针是，谢谢你，能够和你相遇，我和你高兴。
终于在漫长的沉默中，碇真嗣杀死了最后的使徒。
碇真嗣来到医院看望明日香。
他对明日香说救救我，然而对方并没有回应。
碇真嗣开始用力晃动明日香。
在这以后，最后一个使徒消灭了，但是还是没有解决境界。
美里坐在车里，她已经知道了所谓的补完计划。
所这是一种将走到尽头的人，进化为单体生物的补充计划。
她觉得上面还会为此利用EVA。
的确如此，上面将希望寄托在莉莉丝的EVA初号机身上。
此时超级计算机被入侵，防御被攻破。
父亲派遣人找到已经不再工作的赤木，委托她抵抗超级计算机的入侵。
美里受到消息，上面已经取消对据点的保护。
目的绝对不是入侵超级计算机那么简单。