7月26ri
女杀手史蒂芬妮哥杰斯巴莱斯否定同行砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月27ri
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝大脑中的秘密。
7月28ri
午夜（00：00——）
上条将茵蒂克丝口中的魔法符文破坏，「自动书记」启动，开始cao纵茵蒂克丝用魔法攻击上条。
茵蒂克丝释放的魔法「龙王的叹息」将漂浮在宇宙的人造卫星「织女一号」摧毁，搭载在卫星内的超级电脑「树状图的设计者」同时被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条终于摧毁了控制茵蒂克丝的「项圈」，不过他却从此失去了过去的所有记忆。
下午时分
上条在医院内与医生「冥土追魂」谈论自己的事情。
七月、第四个星期五。
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮哥杰斯巴莱斯善后。
8月1ri
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，事件开始。
&饰利合作确保货车以及司机的安全。
狙击手砂皿致密接受委托，使用反战车步枪破坏了货车必定要前往的桥梁。<以及黄泉川的努力下，货车安然无恙。
事件结束时，美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月8ri
上条和茵蒂克丝一起去购买参考书，中途遇见自己的同学蓝发耳环。
三人于是又去冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女——姬神秋沙相识。
史提尔马格努斯通过「空间移动」能力者来到了一栋没有门窗的大厦，与学院都市统括理事长亚雷斯塔克劳利会面。
在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔马格努斯找上上条，并要求他一起去解救被关押在三泽塾补习班的姬神秋沙——拥有「吸血杀手」能力的少女。
两人进入三泽塾补习班并将炼金术师奥雷欧斯伊萨德的「分身」击破，但却被真正的伊萨德用「金se大衍术」消除部分记忆。
茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被伊萨德带走。
上条在「幻想杀手」作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士施展的魔法「葛利果圣歌」被伊萨德用「金se大衍术」反弹。
上条和史提尔回到三泽塾补习班与伊萨德进行最终战斗，上条右手被斩断，从断腕处出现的「龙王之首」致使奥雷欧斯伊萨德败北。
8月9ri
上条的右手被医生「冥土追魂」接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯伊萨德从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
8月10ri
美琴作了一个关于自己幼年时提供dna样体的梦。
某位少女在第七学区的小巷内到处散发银行卡，被无能力者们盯上，但被少女用「寿命中断」（实际上只是言语暗示）镇压。在一旁观战的美琴通过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信。
为了解除心中的疑惑，美琴半夜潜入樋口制药?第七药学研究院。在研究院的电脑中发现与自己有关的「量产能力者实验计划」已被冻结。
美琴放心的离开后，某位「妹妹」出现并将资料全部删除。
8月11ri
美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15ri
早上——
美琴与一名妹妹（9982号）偶遇。
从谈话中美琴得知某个「实验」的存在以及一个「暗号」，并带着妹妹（9982号）游玩半天。
晚上——
两人分别后，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面。
（21：00——），第九九八二次实验正式开始。<的帮忙解开「暗号」，并得知了「绝对能力进化实验」的存在。