至此，约翰长老的国家已经不再“虚无缥缈”，但这种蜜月关系并未维持多久，1530年代，埃塞俄比亚遭到哈喇的袭击，国家陷入动荡，不得不向葡萄牙人求助。1543年，葡萄牙人帮助埃塞俄比亚复国，但国土大为缩小的埃塞俄比亚已经不再是之前那个广袤万里的大国，而摸清楚此地真实生产水平的葡萄牙人，对其的崇敬也大不如前，在后期甚至深刻牵扯到了埃国的内战之中。长老国的神秘、富饶的传说，在已经探索了世界各处的欧洲人心目中渐渐褪色，最后只能存在于文学作品，乃至儿童作品之中，成为一个类似“亚瑟王与圣杯”一样的中古老梗，供人炒冷饭发挥了。
逃到西辽并篡夺王位的基督徒屈出律。
从14世纪开始，随着埃及马穆鲁克王朝在近东的扩张和最后一批近东十字军国家的覆灭，约翰长老再一次成为欧洲关注的焦点。
到1250年代，随着欧洲使节出入蒙古汗庭的频率增加，对约翰长老的迷思被转到了信仰景教的克烈部王汗身上。
在欧洲，这位传奇大卫王的故事，不可避免的又和约翰长老揉捏在了一道，成吉思汗西征结束，从1225年代开始。
马可波罗成长的年代，欧洲人普遍仍然相信蒙古大汗，和约翰长老之间有着爱恨交加的关系
后世的史学家普遍认为，这场被描述详尽的战争多半是之前数年（1141年）西辽帝国耶律大石在中亚大破塞尔柱突厥的战役，这种道听途说产生的一厢情愿在之后还会屡次发生。欧洲人显然对与约翰长老合兵一处的梦想充满了憧憬，1147年，第二次十字军远征很快被组织起来，然而事与愿违，约翰长老虚无缥缈，并未如期出现，这则消息很快就没有了下文。
在信中，作者讲到大卫遭人驱逐，但后来成功夺取了哈喇国家的王位，一般认为是乃蛮部被铁木真击败。
或许是因为对蒙古人产生的误解，格鲁吉亚在给教宗的信件中也确认“蒙古人就是基督徒”，甚至和耶稣亲自见面过。
然而在对蒙古帝国时代，约翰长老国的命运上，往往又陷入语焉不详的窘境。
作为从光复运动和十字军战争中成长起来的国家，葡萄牙一贯对哈喇有着根深蒂固的仇恨和敏感，对欧洲盛传的“长老约翰”故事更是全国从上到下，深信不疑。所以当这个国家完成国土光复，在15世纪中叶开始谋划向海外扩张和探索时，找寻长老约翰，并与其联盟，共同击破哈喇，便成为了历代葡萄牙君主在远航舰队杨帆出发前一再向航海家们嘱咐的关键主题。
欧洲人盛传“印度的大卫王要来援助十字军。”一些教士也火上浇油。
欧洲人认为的“东方基督王”很快在数年后出现了，蒙古人横扫了保加利亚汗国、罗斯在内的整个东方基督教边缘世界。
这种转变看似荒诞不经，但以当时欧洲人多数认为印度和非洲接壤的看法而言，却又显得理所当然，毕竟在14世纪，东非同样也是“三印之地”。
有名的航海家恩里克王子，更是对寻找约翰长老倾注了巨大的热情，当葡萄牙人探明西非的巨大海湾（几内亚湾）时，他们迅速把这里命名为“埃塞俄比亚湾”，当他们在西非海岸看到黑皮肤的土著居民时，又想当然的认为他们都是约翰长老的臣民。于是，他们沿着非洲西海岸近乎痴迷的不断寻找和这位伟大君主进行直接接触的机会。在那些后世被当作航海家勇气见证的航海家石柱上，都铭刻着“葡萄牙基督徒都在热切寻找长老约翰”的字迹。
寻找长老国——葡萄牙人东进的特殊动力。
不仅如此，这位帝王还在信中用傲慢的语气提到了自己的赫赫权势，他的皇宫呈印度式样，是圣多马为印度国王设计的式样建造的，无比奢华。在他用膳时，“桌旁有七位国王伺候他”，每個国王又有62位公爵伺候，每个公爵又有365个伯爵伺候。在他每天吃饭时候，左手边是20位大主教，右手边是12位大主教。
此时，约翰长老的驻地就悄然发生了变化，不再是东方的“基督教君主”，反倒是成为了非洲的基督教君王。
1329年，一位多明我会的传教士在其著作中，将埃塞俄比亚斩钉截铁的定义为“我们平日里所称的长老约翰”，从此，非洲约翰长老过的说法更为流行。为了自圆其说，和之前的亚洲故事对接，欧洲人甚至炮制出了长老约翰从亚洲平原被成吉思汗击败后，神秘前夕到自己“位于努比亚和埃塞俄比亚的省份”，以避免“蒙古人从第一印度对他进行偷袭”。
但故事的后半段又与花剌子模连接在一起（花剌子模在铁木真西征前夕，正准备进攻当时的巴格达）。
“你若想想象我统治国度的广袤和强大，只需抬头仰望满天的繁星，我的国家比这更光辉灿烂，更广袤无边。”——“三印皇帝约翰”
“在波斯和亚美尼亚以东的世界最东方有个基督教国家，他的最高统治者名叫约翰，既是国家的祭司，也是国家的世俗领袖，被臣民唤作约翰长老。几年前，约翰长老对波斯和米迪亚的国王发动的战争，将异教徒打的落花流水，他本想顺势西征，与我们十字军合兵一处，但底格里斯河和的涛涛巨浪阻碍了他的行军，他的军队因为水土不服，损失惨重，被迫撤退回国，他本想渡过底格里斯河，前往圣地朝圣的愿望，也因此落空了。”
当时欧洲人把亚洲统称为印度，不是指现在的印度，不要混淆。
1289年，教宗就向埃塞俄比亚发出了措辞亲密的信函，请求这些“黑皮肤基督徒”同欧洲的教胞团结一致，对付哈喇的威胁。1306年，在和欧洲中断了数百年联系后，埃塞俄比亚国王魏德穆·阿拉德向欧洲派出了30人的特使团，当特使团出现在了阿维尼翁的教廷中时，引发了欧洲的轰动。传说中国度的使节出现，同当时陷入分裂的教廷，愈来愈大的哈喇压力联结在一道，再一次激发了蓬勃的寻找长老国的热情。
1486年，为了寻找长老约翰，葡萄牙王若昂二世派出心腹深入非洲内地，1507年，葡萄牙和埃塞俄比亚正式建立了外交关系，并进一步考证埃塞俄比亚就是长老约翰的国家。
后世广受赞誉的“航海家”恩里克王子，除了热衷收复耶路撒冷之外，他也孜孜不倦于寻找约翰长老国的宏大计划
在二次十字军东征之后二十年，西欧各地出现了一份署名祭司王的信件，这封信的作者自称“印度国王约翰长老”，自称为“三印皇帝”（三印是欧洲人在中古时代遐想出来的东方地理概念，一般认为，恒河地区和埃塞俄比亚是第一印度和第二印度，第三印度一直未有明确说法，一般可以指更东的区域），国土向东一直延伸到“日出之地”，向西延续到巴比伦一带。
探寻远方的动力——约翰长老国传说的意义。
从中古到近古，欧洲人对约翰长老的幻想，对约翰长老国的位置经历了多重变化，其中既有荒诞不经的中古转码扭曲，也反映出随着时间推移，欧洲对外部世界认识的理性化和去魅化。在中古时期，约翰长老曾经代表着富裕、神秘和未知的世界，满足了欧洲人浪漫化的远方想象和对寻找基督教盟友的心理需求，勾起了他们无限的热诚和兴趣。正是在这种动力的驱使下，欧洲人逐渐完成了对中东、内亚和东非的探险和发现，可以说，虽然约翰长老的故事本身不值得推敲，但它确实影响，并深刻改变了欧洲乃至世界的历史进程。